就“金太陽”示范工程補貼來講，即使是如期開工并順利得到補貼的企業，也存在發電可能無法并網(發電機電流接入電網)的問題，這就會導致電量的浪費。江西賽維LDK太陽能高科技有限公司的有關人士表示，“金太陽”工程屬于政府對光伏行業的支持政策，采取的初投資補貼方式，但這種補貼方式也存在一定的問題，如果補貼方式進行調整，未來能夠對并網發電量進行補貼的話，可能更有利于提高企業投建的積極性。
    中國能源網CEO韓曉平則指出，光伏發電產業本身是適合分布式發電，并不適用于大項目，但目前政府卻一味鼓勵大項目，平白增加項目成本，而并網問題又因為接入系統費用問題一直難以妥善解決制約著這些大項目。
    “地方政府在上馬這些項目和招標的過程中，有保護地方國有企業，保護落后產能的行為。在財政補貼中的厚此薄彼，會導致市場的不公平競爭。”李勝茂認為。
    而在新能源汽車領域，2010年8月成立的16家央企電動汽車聯盟，也讓業界擔憂，在過往其他產業中出現的國企和民企不平等競爭，利用其優勢地位分享國家財政扶持資金的現象會在新能源產業領域重演。
    粗放式的財政補貼方式，導致補貼資金零散，各種科研機構爭相爭奪財政補貼資金，企業跑馬圈地，各個地方政府盲目建設新能源產業園，甚至有縣級政府以此前的摩托車、三輪車生產廠為基地興建新能源汽車產業園的現象。
   應當看到，財政補貼雖然能夠刺激市場擴張，但這并不是最終目的。與發達國家的補貼重點在消費者，主要在于市場應用推廣不同，目前中國的財政補貼幾乎覆蓋所有產業鏈。而在補貼申報的過程中，由于財政部門比較難以對申請資格進行足夠的考核，財政資金難免不會被浪費和低效率的情況。
    在“十二五”期間，新能源政策如何告別單純靠政府補貼來推動行業發展的情況，是一個問題。